Im späten Mittelalter verblasste das franziskanische Ideal immer mehr. Deshalb setzte Ludwig von Fossombrone die Errichtung eines eigenen Ordenszweiges durch, der streng nach dem ursprünglichen Ideal des hl. Franziskus leben wollte.

Bereits 100 Jahre später zählte der Kapuzinerorden15.000 Mitglieder in 41 Provinzen. Die erste deutsche Niederlassung entstand 1593 in Innsbruck.

Die Kapuziner fanden großen Anklang deshalb, weil sie die Verkündigung der Hl. Schrift wieder in den Mittelpunkt ihrer Predigt stellten. Sie waren sehr volkstümlich in ihren Ausdrücken, in ihrem Leben, sorgten für die Armen, übten die Seelsorge und mühten sich unentwegt um das einfache Volk.

Anfang des 18. Jahrhunderts bestanden im Bereich des heutigen Württemberg schon 15 Niederlassungen, nur Ellwangen war als Residenzstadt noch ausgespart. Deshalb bat 1719 der Guardian von Burghausen die Fürstpropstei, eine Niederlassung auf dem Schönenberg gründen zu dürfen. Das Volk begrüßte diesen Plan, während die Geistlichen dieser Stadt sich widersetzten, denn es gab bereits eine Überzahl an Priestern und Ordensleuten (z.B. Benediktiner, Jesuiten).

1721 baten die Jesuiten, dass sie doch auf dem Schönenberg bleiben dürften. Die Kapuziner waren damit einverstanden, beharrten aber auf ein Kloster in der Stadt. Als 1726 die Ursulinerinnen aus Freiburg ebenfalls ein Kloster in der Stadt errichten wollten, beriefen sich die Kapuziner auf frühere Zusagen. Provinzial Floribert aus Wasserburg am Inn stellte einen neuen Antrag. Am 31. Oktober 1728 genehmigte der Fürstpropst „außerhalb der Residenzstadt zur Ehre Gottes und Seraphici Vaters Francisci ein modifiziertes Clösterle bauen zu dürfen“.

Am 3. Januar 1729 wurde hierüber ein eigener Revers ausgestellt mit 6 einschränkenden Bedingungen. Die Kapuziner stimmten dem zu und zogen am 18. Mai 1729 mit Guardian Fructuosus feierlich in Ellwangen ein.

Am Pfingstsamstag, 4. Juni 1729, fand die Verhandlung mit Vertretern der Stadt um einen Bauplatz am Stadtgraben bis zur Jagst hin statt. Dieser Platz war den Kapuzinern jedoch zu klein und zu sumpfig. Daraufhin  wurde der große Wiesenplatz unweit des Steintors vorgeschlagen. Er fand allgemein Beifall. Inzwischen war es heiß geworden. Die Kommission ging in die Stadt zurück, wohin der Schwarz-Ochsen-Wirt Josef Pfeifer zitiert wurde, um ihn zum Verkauf zu bewegen. Er sagte : „Als junger Hausmann wolle er eher seine Feldgüter verstärken als schwächen. Doch dem Kapuzinerorden zuliebe wolle er sich doch von dem Grundstück trennen.“ Die Parteien wurden sich bei einem Glas Wein mit 700 fl. (Gulden) und mit Handschlag einig.

Unmittelbar danach wurde mit dem Bau des Klosters begonnen. Die Grundsteinlegung der Kirche war am 13. April 1730. Sie wurde am 13. März 1732 eingeweiht. Im Jahr der Fertigstellung des Klosters wurde Franz Georg von Schönborn (1732-1756) der neue Fürstpropst. Er war ein Freund der Kapuziner. Unter ihm blühte die Niederlassung der Kapuziner auf. Die Jesuiten wurden immer mehr zurückgedrängt bei Gottesdiensten, Predigten, Beichthören, Krankenbesuchen und der Versorgung der Armen. Als 1773 der Jesuitenorden aufgelöst wurde, waren die Kapuziner auch als Lehrer am Gymnasium angestellt.

Die Fürstpropstei Ellwangen wurde dem Herzogtum Württemberg einverleibt. Württembergische Truppen marschierten am 10. September 1802 in Ellwangen ein. Die Säkularisation brachte das Todesurteil für das Kapuzinerkloster. Der Klosterkonvent mit einem Guardian, einem Vikar, 18 Patres und Fratres musste den Treueid auf die Regierung schwören (3. Dezember 1802). Das Kloster durfte aber als „Zentralkloster“ weiterbestehen. Kapuziner aus den aufgelösten Klöstern Comburg, Eichstätt, Weil der Stadt, Neckarsulm, Mergentheim u. a. wurden in Ellwangen konzentriert. Sie durften aber keine Novizen aufnehmen und waren zum Aussterben verurteilt. Sie mussten den Habit ablegen, ihr Wirken wurde streng überwacht, und sie litten große Not.

Inzwischen überlegte die Regierung des Jagstkreises und die Amtsversammlung neue Nutzungsmöglichkeiten für das freiwerdende Kloster. Folgende Pläne standen zur Diskussion: 1822 Salzlager, 1826 Polizeihaus, 1828 Kinderrettungsanstalt und zuletzt 1830 Brauerei. Als nur noch ein Pater und drei Fratres das Kloster bewohnten, erteilte am 7. Dezember 1829 die württembergische Regierung den Räumungsbefehl. Er wurde am 10. Februar 1830 vollzogen. Das noch vorhandene Inventar wurde verschleudert, wie der Umgang mit der Bücherei deutlich macht: 2000 Bände (42 Zentner) wurden als Makulatur verkauft. Sie erbrachte 1 Gulden und 37 Kreuzer.

Durch das engagierte Eintreten von Oberamtmann Viktor Sandberger wurde für die weitere Nutzung des Klosters dem Plan der Kinderrettungsanstalt der Vorzug gegeben.